|
App::Sandy
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::BGZF
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Base
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::CLI
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::CLI::App
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::CLI::Command
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Citation
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Custom
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Expression
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Expression::Add
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Expression::Dump
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Expression::Remove
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Expression::Restore
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Genome
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Quality
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Quality::Add
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Quality::Dump
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Quality::Remove
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Quality::Restore
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Transcriptome
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Variation
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Variation::Add
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Variation::Dump
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Variation::Remove
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Variation::Restore
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Command::Version
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::DB
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::DB::Handle::Expression
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::DB::Handle::Quality
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::DB::Handle::Variation
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::DB::Schema
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::DB::Schema::Result::ExpressionMatrix
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::DB::Schema::Result::QualityProfile
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::DB::Schema::Result::StructuralVariation
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Fastq
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Fastq::PairedEnd
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Fastq::SingleEnd
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::InterlaceProcesses
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::PieceTable
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Quality
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::RNG
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Read
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Read::PairedEnd
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Read::SingleEnd
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Role::BSearch
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Role::Counter
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Role::Digest
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Role::IO
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Role::ParseArgv
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Role::RNorm
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Role::RunTimeTemplate
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Role::SeqID
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Role::Statistic
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Role::Template::Fastq
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Role::Template::Sam
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Seq
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Seq::PairedEnd
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Seq::SingleEnd
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Simulator
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::Types
|
TMILLER
|
|
|
App::Sandy::WeightedRaffle
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Base
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::CLI
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::CLI::App
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::CLI::Command
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Custom
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Digest
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Expression
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Expression::Add
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Expression::Remove
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Expression::Restore
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Genome
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Quality
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Quality::Add
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Quality::Remove
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Quality::Restore
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::QualityDB
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::QualityDB::Add
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::QualityDB::Remove
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::QualityDB::Restore
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Simulate
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Simulate::Custom
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Simulate::Genome
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Simulate::Transcriptome
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Command::Transcriptome
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::DB
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::DB::Handle::Expression
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::DB::Handle::Quality
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::DB::Schema
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::DB::Schema::Result::ExpressionMatrix
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::DB::Schema::Result::Quality
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::DB::Schema::Result::QualityProfile
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::DB::Schema::Result::SequencingSystem
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Fastq
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Fastq::PairedEnd
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Fastq::SingleEnd
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::InterlaceProcesses
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Quality
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Quality::Handle
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Quality::Schema
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Quality::Schema::Result::Quality
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Quality::Schema::Result::SequencingSystem
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Read
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Read::PairedEnd
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Read::SingleEnd
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Role::Digest
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Role::IO
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Role::ParseArgv
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Role::RunTimeTemplate
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Role::WeightedRaffle
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Simulator
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::Types
|
TMILLER
|
|
|
App::SimulateReads::WeightedRaffle
|
TMILLER
|
|