DHARD / FAST-1.06 / t / data / popset_32329588.fas 
>AF194338 Stylonychia lemnae macronuclear DNA polymerase catalytic subunit alpha gene, complete cds.
AAAACCCCAAAACCCCAAAATCCCAAATCAAATTAATAGTTGAGRAATAARAATTGAATA
ATRATACCGCGTTTAATCTWAGTGGGAATCAAAGAATGAGTTTATAATTTTAAACTTAGT
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TAAAAGTTAGCTATCTCATGACTAATCTATGGAATATCAATCAGCTGTTGATGATTCTAA
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AAGAGAATATTTAATACTTCACTAATGAAAGATAAATGATAGACTTATTTGTAACTAGAA
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AAGACAGATAAGATTTTGATGATGATTTGCTACCTCAGTTCTATTTAGCATCTGAACGCA
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TCTGCTTTACTACAGTAAACAGAAGACCAACCAAGAACTACGATGGCAGTGAATTGAAAA
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AGAGAAAAGCTGTMAAGGAAAAGATGAAGAATGAARAGGATCAGGYGAARCTCTAACAAC
TTGAAATCAGATAGAAAGCTATTAAGYTGACTGCTAACAGTATGTATGGTTGCTTRGGTT
TTAGTTCCTCCAGATTCCACGCTTCAGCTATTGCAGCTCTGATTACAAAGACTGGTAGAG
AAA-CCCTTCTAAGAACAAAAGATATTGCTGAGAATAAGYTAGGCTTTAACGTTGTGTAT
GGTGAWACTGATTCTATTATGATCAATACTGGTACTAAYCAACTTCAGTAATCACTTGAG
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AGAAGAGAKTGGTGTCCTCTCTCRAAGTCTATTGGAAATTATGTTCTCAGCCAAATTTTA
TCAGGCAARYAARGRGARGATGTAGTATTCAACCTGAAYGAATACTTATCTGATATTGGA
GAGAAAATGAAGAGCAATAGAATCACTCTAGATCAATTCATCATAACAAAGCAACTTACW
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GGAGCTCAAGCATTTGATACAGCTAAGTCAAACCCACAATTATCAGATAAGGCTTATCAT
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AATAGAAGTAAATATACCAAGGTTGACYTAGGAAGTATATTYGGCTTCATGAGGTAGAGC
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TTAATAATAAAAGAGTAWTTTAATCTTTGCTTGCAGGGTTTTAGCATTTTGGGGTTTTGG
GGTTTTGGGG
>gb|AY243489.1||gi|32329588 Stylonychia lemnae SGR1 macronuclear DNA polymerase catalytic subunit alpha gene, partial cds.
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GAACAAATACGGAGTAACTTTAGAGTCTAAGCAAGAAATATAAGTGAAAAGACAACTTGA
ATAGCAACAGCATGAACAGACTATTGGCTAACACTAATAAAATGCGAATGTATTTTCAAA
GAAAAGAAAGCTAGATGAAATTTAACAACCTTAAGTAAAAAAAGAGCATTAAGAACTTAA
TAAAAGTAGATAGACTGAAACTATTATTCATTAATCAAGTAACACTAGCTATTTCGATGC
TAAAAGTTAGCTATCTCATGACTAATCTATGGAATATCAATCAGCTGTTGATGATTCTAA
GATGTCAGAAAGTAGCTCAGCATAGAAAAATGCTATGAATGAAGGTCCTATTGCATTCAG
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GAACTAATAAGCTCATT-AAGAGTTCAAAACTATGGAGTAAAAATCAGCTATGGATATTT
AAGAATTCGCTCTCCCATTAAATCAAGATGGCTCATTATCATTCTACTGGATTGATGCAC
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ATTAATACGTATCCTGCTCAATGAAAGTAAATGGAATGTAAAGAGAGATATATGCTCTAC
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TTAGAGGTGTACAACTAGAACTAGAAGATATTAGAAAAAAAAGATTCTAGGGTATTACTA
AATGGAGATGCAAGCCRGTTACTAGAAAATATGCATTCGAAATGCCAATTCAACATGGAG
AGCATTTGTTCTTGAAAATCAAGTATGATGCAACATTTATCCCTCTACCAAGTACTGTTT
AAGGAAATACATTTGAATGTTTATTCGGCTCCAACTAAAGCATGCTTGAACTCTTCATTC
TTAAAAGGAAAATTAAAGGACCCTGCTGGATGACAATAAAAAATCCAAAGAAAGTTACTG
ACTTCAAGAAAACATGGTGTAGATAAGAGATTGAAATTGATAATCCTAAAAATGCAGAGG
TTACTTTAGATGATCTTAACAAAACTGATATCCCACCACTAACCTCCTTAACATTCGCAT
TCAAGACTGCCAGATCTCAGAATAACACAAATGAGATTGCTATGATTTCTTGTTTGGTTC
ATAACAATGTTAATCAGGAAGGGCCATCTTAGACTGACAAATTTTAGACATTTACTTTGG
TCAGGAAGCTCGATGGCAAACCAATGCCATTTGATTTTGACCAAAAGCTTAGATAGAAGA
AAGAGAATATTTAATACTTCACTAACGAGAGATAAATGATAGACCTATTTGTAACTAGAA
TTTTCTAAATTGATCCAGATCTTATTGTGGCTCACAACCTATGTGGGGGAATATTCGATC
TCTTACTTGCTAGAATTTAAATACTTAAAATTAACCACTGGAGCAGAATTGGTAGATTTA
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AATGGATTCCAAGATAAGTTACTTGTGGTAGATTGTTAGTTGATACTTTCCTCTCTGCCA
AGGAGCTGATCAGAGAAACCAACTATGACCTTACTCATTTGACAAAAGTCTAGCTCAAGA
AAGATAGATAAGATTTTGATGATGATTTGCTACCTCAGTTCTATTTAGCATCTGAACGCA
TATTCTAGCTCATCGAGCATTCTGAGAAAGATTCCTACTATACTTTTATGCTTATGCTTC
ATCTATCAATTATCCCCTTAACCAAACAACTAACTAACATTGCAGGTAACTTATGGTTCA
GGTCTCTCTAAAACGCCAGAGCTGAAAGAAACGAGATGCTTTTGTTGCATGAATTCAAGA
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TTATGGGAGATGAATATGAAGAGAACGATACCAAAGGAGGAGGGAAAAAGGGAGGTAAAA
GAAAGAAGGCAAAGTATGCTGGAGGTCTCGTTATTGAACCAAAAGCAGGTTTCTATGACA
ACATTATCTTACTTCTGGATTTCAACAGTTTGTATCCCTCAATTATTCAAGAGTACAACC
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ATCAATTCAAATCTGCTGATAACGCTGAAGGAGATGAAGTCGAAGATGTTGATCTTCCAG
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AGAGAAAAGCTGTCAAGGAAAAGATGAAGAATGAAAAGGATCAGGTGAAACTCTAACAAC
TTGAAATCAGATAGAAAGCTATTAAGCTGACTGCTAACAGTATGTATGGTTGCTTAGGTT
TTAGTTCCTCCAGATTCCACGCTTCAGCTATTGCAGCTCTGATTACAAAAACAGGTAGAG
AAA-CTCTTCTTAGAACAAAAGATATTGCTGAGAATAAGTTAGGCTTCAATGTAGTGTAT
GGTGATACTGATTCTATTATGATCAATACTGGTACTAATCAACTTCAGTAATCACTTGAG
ATGGGCAAAAAGCTTAAAGTTGAAGTTAACTGTCTCTATAAATGCCTTGAAATAGAAATA
GATGGCGTTTTCAAGAGTTTACTTTTACTAAAGAAAAAGAAATATGCTGCTTTGAGGTAT
GAAGGTGTTGGCTCTAATGAAGTCAAAGTAATTCAAGAAATGAAAGGTCTTGATATGGTC
AGAAGAGATTGGTGTCCTCTCTCAAAGTCTATTGGAAATTATGTTCTCAGCCAAATTTTA
TCTGGCAAACAAAGGGAAGATGTAGTATTCAACCTGAATGAATACCTATCTGATATTGGA
GAGAAAATGAAGAGCAATAGAATCACTCTAGATCAATTCATCATAACAAAGCAACTTACT
AGAGCCATTTCAGAGTATTCTGATATCAAAGGATAACCACATGTGGCAGTTGCTCAAAGA
CTTAAAAATTAAGGAAAGAGTGAGGCAGATCTTGTCAATAATTTCATCCCTTATGTTATT
GGAGCTCAAGCATTTGATACAGCTAAGTCAAACCCTCAATTATCAGATAAGGCTTATCAT
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ACTCATAATTATGACTTTCCAGGTATTTACCAAGAAGGAAAAGATGTGTCTGGTTTAATA
TGCACTAAATGCAATGCTAAGATACCAGAAAAATATGTGATGAACAGAGTGAATCTATTT
TTGAAGCAGCTATTAGCTCTATATTACTAAGGTAAATACGAGTGCTAAGAGCCCTCTTGC
AAGAGTATGACTCGTTAACTCCTCTATCATAACAAATGTGTTAATCTAACTTGTAAGGGT
AAGATGGTACCAGAATACTCAGAGCATCAAACAAACGACACACTCAGATATCTTCAAGGT
CTCTTTAACATTAAAAAACACCTTCATGAAAACAGCAAAAATGATTCATTAAAGGTTGAA
ACCGACATCCCATTCTATAATGAATATAATGTTTTACAGACAAAAGTAGATGWACTAATG
AATAGAAGTAAATATAACAAGGTTGACCTAGGAAGTATATTTGGCTTCATGAGGNAGANC
AATAATAAAA--------------------------------------------------
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GCAGGAGATGCTAATCTTTTACTTAGGTCGAAGAGGCAAAGAGAATTTTCGAAGAGATAG
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GATGATGGCTTTGGCTACAGAGATCATGGAGGTGAAATCTGGGAAAGAGATGACAACGAA
GAGGTTGGCGGTAAAAAGAAAAAGAGAAAGCTTGATGTAAGTATAAAACCAAGTCTTAGT
CTATTTTATCATTTAAATTCCACAATTTACTTACATTATTCTATAGCCAAATGAACAGCA
CATTACTAACTTTATGATGCCAGCTTCAACAATCAGAAAGAACAAAGGAACCGGCAATTC
TAGTAATATATAGATAAAGCAAAAGCCTAAGGTTACTGCTGAGCAATCTATGGACATTAT
GAACAATTTGCTATAAGAACTAGATAATAAAGATGTCGATGAGTTGGAAGATGTAAACGC
ATCAGCAGTTATGGCTGAGCTTAACAAACCAATAGCCTTTAACAAGAATGAAGAACTTTT
GAACAAATACGGAGTAACTTTAGAGTCTAAGCAAGAAATATAAGTGAAAAGACAACTTGA
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TAAAAGTAGATAGACTGAAACTATTATTCATTAATCAAGTAACACTAGCTATTTCGATGC
TAAAAGTTAGCTATCTCATGACTAATCTATGGAATATCAATCAGCTGTTGATGATTCTAA
GATGTCAGAAAGTAGCTCAGCATAGAAAAATGCTATGAATGAAGGTCCTATTGCATTCAG
CAAAAATTAAACTAATATGTCTGCATCTAAGAATGATGAATGGGCTTAAATCAAACATCA
GAACTAATAAGCTCATT-AAGAGTTCAAAACTATGGAGTAAAAATCAGCTATGGATATTT
AAGAATTCGCTCTCCCATTAAATCAAGATGGCTCATTATCATTCTACTGGATTGATGCAC
ATGAGGAAAATAATGGTGCTGATTTATTCATATTCGGAAAAATCTATCAACCAGAGATCA
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TTAGAGGTGTACAACTAGAACTAGAAGATATTAGAAAAAAAAGATTCTAGGGTATTACTA
AATGGAGATGCAAGCCAGTTACTAGAAAATATGCATTCGAAATGCCAATTCAMCATGGAG
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ATAACAATGTTAATCAGGAAGGGCCATCTTAGACTGACAAATTTTAGACATTTACTTTGG
TCAGGAAGCTCGATGGCAAACCAATGCCATTTGATTTTGACCAAAAGCTTAGATAGAAGA
AAGAGAATATTTAATACTTCACTAACGAGAGATAAATGATAGACCTATTTGTAACTAGAA
TTTTCTAAATTGATCCAGATCTTATTGTGGCTCACAACCTATGTGGGGGAATATTCGATC
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AATGGATTCCAAGATAAGTTACTTGTGGTAGATTGTTAGTTGATACTTTCCTCTCTGCCA
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TATTCTAGCTCATCGAGCATTCTGAGAAAGATTCCTACTATACTTTTATGCTTATGCTTC
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TTAGTTCCTCCAGATTCCACGCTTCAGCTATTGCAGCTCTGATTACAAAAACAGGTAGAG
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ATGGGCAAAAAGCTTAAAGTTGAAGTTAACTGTCTCTATAAATGCCTTGAAATAGAAATA
GATGGCGTTTTCAAGAGTTTACTTTTACTAAAGAAAAAGAAATATGCTGCTTTGAGGTAT
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TCTGGCAAACAAAGGGAAGATGTAGTATTCAACCTGAATGAATACCTATCTGATATTGGA
GAGAAAATGAAGAGCAATAGAATCACTCTAGATCAATTCATCATAACAAAGCAACTTACT
AGAGCCATTTCAGAGTATTCTGATATCAAAGGATAACCACATGTGGCAGTTGCTCAAAGA
CTTAAAAATTAAGGAAAGAGTGAGGCAGATCTTGTCAATAATTTCATCCCTTATGTTATT
GGAGCTCAAGCATTTGATACAGCTAAGTCAAACCCTCAATTATCAGATAAGGCTTATCAT
CCAGATGAGCTCTTATCCTCCAAGGGTAAGATTACTCTTGATATTGATTGGTATATTACT
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TTCGTTGCTCARTGTCTTGGTGTTGACCCTAAGAAGTATAAATATCACTCTGAGAAAAAG
AATACAGATGAAATAGGTGATGATGGTGGATCAATCTAGAATCCTATTCTTTAAACTGAA
ACTGAAAAAAGTCTAAAACACAGATCAATTGCTGAGCTTAAAGTGAAATGCCCATCTTGC
ACTCATAATTATGACTTTCCAGGTATTTACCAAGAAGGAAAAGATGTGTCTGGTTTAATA
TGCACTAAATGCAATGCTAAGATACCAGAAAAATATGTGATGAACAGAGTGAATCTATTT
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AAGATGGTACCAGAATACTCAGAGCATCAAACAAACGACACACTCAGATATCTTCAAGGT
CTCTTTAACATTAAAAAACACCTTCATGAAAACAGCAAAAATGATTCATTAAAGGTTGAA
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AATAATAAAA--------------------------------------------------
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>gb|AY243491.1||gi|32329592 Stylonychia lemnae FED-a2 macronuclear DNA polymerase catalytic subunit alpha gene, partial cds.
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CTATTTTATCATTTAAATTCCGCAATTTACTTACATTATTCCATAGCCAAATGAACAGCA
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TAGCAATATATAGATAAAGCAAAAGCCTAAGGTTACTGCTGAGCAATCTATGGACATTAT
GAACAATTTGCTATAAGAACTAGATAATAAAGATGTTGATGAGTTGGAAGATGTAAACGC
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GAACAAATACGGAGTAACTTTAGAGTCAAAGCAAGAAATTTAAGTGAAAAGACAACTTGA
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TAAAAGTAGATAGACTGAAACTATTATTCATTAATCAAGTAACACTAGCTATTTCGATGC
TAAAAGTTAGCTATCTCATGACTAATCTATGGATTATCAATCAGCTGTTGATGATTCTAA
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TAAAAATTAAACTAATATGTCTGCATCTAAGAATGATGAATGGGCTTAAATCAAACATCA
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AAGAATTTGCTCTCCCATTAAATCAAGATGGCTCATTATCATTCTACTRGATTGATGCAC
ATGAGGAAAATAATGGTGCTGATTTATTCATATTTGGAAAAATCTTTCAACCAGAGATCA
ATTAATACGTATCCTGCTCAATGAAAGTAAATGGAATGTAAAGAGAGATATATGCACTTC
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AATGGAGATGCAAGCCAGTTACTAGAAAATATGCATTCGAAATGCCTATTCAACATGGAG
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TTAAAAGGAAAATTAAAGGTCCCTGCTGGATGACAATAAAAAATCCAAAGAAAGTTACTG
ACTTCAAGAAAACTTGGTGTAGATAAGAGATTGAAATTGAAAATCCTAAAAATGCCGAGG
TTACATTGGATGATCTTAACAAAACTGATATCCCACCACTAACCTCCTTAACATTCGCAT
TCAAGACTGCCAGATCTCAGAATAATACAAATGAGATTGCTATGATTTCTTGTTTGGTTC
ATAACAATGTTAATCAGGAAGGACCGTCTTAGACTGACAAATTTTAGACATTTACTTTAG
TCAGGAAGCTCGATGGCAAACCAATGCCATTTGATTTTGACTAAAAGCTTAGATAGAAGA
AAGAGAATATTTAATACTTCACTAATGAGAGATAAATGATAGACCTATTTGTAACTAGAA
TTTTCTAAATTGATCCAGATCTTATTGTGGCTCACAATCTATGTGGGGGAATATTCGATC
TCTTACTAGCTAGAATTTAAATACTTAAAATTAACCACTGGAGCAGAATTGGTAGATTTA
AGAAAGGAAATATTCCTACTAAGAAGTTTGATACTGGTGGTGCTAATTACGGAGGATCCT
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AGGAGCTGATCAGAGAAACCAACTATGACCTTACTCATTTGACAAAAGTCTAGCTCAAGA
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AATAATAAAA--------------------------------------------------
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GAACAATTTGCTATAAGAACTAGATAATAAAGATGTCGATGAGTTGGAAGATGTAAACGC
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TTAGTTCCTCCAGATTCCACGCTTCAGCTATTGCAGCTCTGATTACAAAGACTGGTAGAG
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GATGGCGTTTTCAAGAGTTTACTTTTACTAAAGAAAAAGAAATATGCTGCTTTGAGGTAT
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GGAGCTCAAGCATTTGATACAGCTAAGTCAAACCCACAATTATCAGATAAGGCTTATCAT
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AATAGAAGTAAATATAACAAGGTTGACCTAGGAAGTATATTTTGCTTCATGAGGTAGAGC
AATAATAAAA--------------------------------------------------
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GAACAATTTGCTATAAGAACTAGATAATAAAGATGTTGATGAGTTGGAAGATGTAAACGC
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GAACAAATACGGAGTAACTTTAGAGTCAAAGCAAGAAATTTAAGTGAAAAGACAACTTGA
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TAAAAGTTAGCTATCTCATGACTAATCTATGGAATATCAATCAGCTGTTGATGATTCTAA
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GAACTAATAAGCTCATT-AAGAGTTCAAAACTATGGAGTAAAAATCAGCTATGGATATTT
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ATAACAATGTTAATCAGGAAGGACCGTCATAGACTGACAAATTTTAGACATTTACTTTAG
TCAGGAAGCTCGATGGCAAACCAATGCCATTTGATTTTGACTAAAAGCTTAGATAGAAAA
AAGAGAATATTTAATACTTCACTAATGAGAGATAAATGATAGACCTATTTGTAACTAGAA
TTTTCTAAATTGATCCAGATCTTATTGTGGCTCACAATCTATGTGGGGGAATATTCGATC
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AATGGATTCCAAGATAAGTTACTTGTGGTAGATTGTTAGTTGATACTTTCCTCTCTGCCA
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TATTCTAGCTCATCGAGCATTCTGAGAAAGATTCCTACTATACTTTTATGCTTATGCTTC
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TTAGCTCCTCCAGATTCCACGCTTCAGCTATTGCAGCTCTGATTACAAAGACTGGTAGAG
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AATAATAAAA--------------------------------------------------
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TCTTACTAGCTAGAATTTAAATACTTAAAATTAACCACTGGAGCAGAATTGGTAGATTTA
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----------
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------------------------------------------------------------
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