Command line: [exonerate --showvulgar no --showalignment yes --geneticcode FFLLSSSSYYQQCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG --model protein2genome --target test/ciliates.dna --query test/ciliates.pep]
Hostname: [leela.local]

C4 Alignment:
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         Query: Condylostoma magnum_col2@Cmag5047.H1.1
        Target: gnl|est|Xxxx16986 [Condylostoma_magnum_COL2] CAMNT_0008288021 /NCGR_SEQ_ID=MMETSP0210-20121227|10954 /TAXON_ID=40633 /ORGANISM="Condylostoma magnum, Strain COL2" /LENGTH=695:[revcomp]
         Model: protein2genome:local
     Raw score: 1045
   Query range: 0 -> 216
  Target range: 679 -> 31

   1 : SerLysLeuAsnGlnGluIleLeuLysArgAlaIleHisGluValSerThrLeuGlnGlyThrL :  22
       ||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||
       SerLysLeuAsnGlnGluValLeuLysArgAlaIleHisGluValAlaThrLeuGlnGlyThrL
 679 : TCTAAGCTAAATCAGGAAGTCCTCAAACGTGCAATACATGAGGTAGCCACCCTACAAGGAACCA : 616

  23 : ysLysArgLysPheAsnGluThrValGluLeuGlnIleGlyLeuLysAspTyrAspProGlnLy :  43
       |||||||||||||||||||||||||||||||| !!|||||||||||||||||||||||||||||
       ysLysArgLysPheAsnGluThrValGluLeu***IleGlyLeuLysAspTyrAspProGlnLy
 615 : AAAAGAGGAAGTTCAATGAGACCGTAGAGCTTTAAATCGGACTTAAGGACTACGACCCCCAAAA : 553

  44 : sAspLysArgPheAlaGlyAsnValArgLeuProPheGlnValArgProArgLeuGlnIleIle :  64
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| !!||||||||||||||||||||||||
       sAspLysArgPheAlaGlyAsnValArgLeuProPhe***ValArgProArgLeuGlnIleIle
 552 : GGATAAGAGGTTTGCTGGAAATGTTAGACTACCATTCTAAGTAAGACCAAGACTCCAAATAATC : 490

  65 : LeuLeuAlaAspGlnGluHisValProGlnAlaGluGlnIleAspLeuProTyrIleAspAlaG :  86
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       LeuLeuAlaAspGlnGluHisValProGlnAlaGluGlnIleAspLeuProTyrIleAspAlaG
 489 : CTACTGGCCGATCAAGAGCATGTCCCCCAGGCTGAACAAATAGACTTGCCTTATATTGACGCAG : 424

  87 : luGlyLeuLysLysPheSerLysGlnArgLysProMetLysLysPhePheLysGlnTyrLysVa : 107
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       luGlyLeuLysLysPheSerLysGlnArgLysProMetLysLysPhePheLysGlnTyrLysVa
 423 : AAGGCCTCAAGAAGTTTAGTAAGCAACGTAAGCCAATGAAGAAGTTTTTCAAACAGTATAAAGT : 361

 108 : lLeuLeuAlaSerAspSerIleIleLysGlnLeuProArgLeuValGlyProValLeuSerLys : 128
       |||||||||||||||||||||||||||| !!|||||||||||||||||||||||||||||||||
       lLeuLeuAlaSerAspSerIleIleLys***LeuProArgLeuValGlyProValLeuSerLys
 360 : ACTTCTAGCCTCAGATAGCATTATTAAGTAACTACCCAGATTAGTTGGACCAGTTTTAAGTAAG : 298

 129 : LeuGlyLysPheProValAlaValThrHisSerAspAsnLeuGlnAspLysValAsnGluAlaA : 150
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| !!|||||||||||||||||||
       LeuGlyLysPheProValAlaValThrHisSerAspAsnLeu***AspLysValAsnGluAlaA
 297 : CTTGGAAAATTCCCAGTTGCCGTAACTCATAGTGACAATTTATAAGACAAGGTGAATGAGGCCA : 232

 151 : rgSerThrValLysPheGlnLeuLysLysValThrCysLeuGlyHisAlaValGlyHisLeuGl : 171
       ||||||||||||||||| !!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       rgSerThrValLysPhe***LeuLysLysValThrCysLeuGlyHisAlaValGlyHisLeuGl
 231 : GRTCCACTGTTAAGTTCTAATTGAAGAAGGTTACTTGCTTAGGACACGCTGTTGGGCATTTAGA : 169

 172 : uLeuSerGluGluGlnLeuArgGlnAsnLeuThrLeuSerIleAsnPheLeuAlaSerLeuLeu : 192
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       uLeuSerGluGluGlnLeuArgGlnAsnLeuThrLeuSerIleAsnPheLeuAlaSerLeuLeu
 168 : GCTAAGTGAGGAGCAGTTGAGGCAAAATCTTACTCTTTCCATCAACTTTTTGGCTTCATTGTTG : 106

 193 : LysLysThrTrpAsnAsnIleLysSerLeuHisIleLysSerThrMetGlyLysProGlnArgI : 214
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       LysLysThrTrpAsnAsnIleLysSerLeuHisIleLysSerThrMetGlyLysProGlnArgI
 105 : AAAAAGACATGGAATAATATCAAATCRCTGCATATCAAGTCGACTATGGGAAAACCGCAGAGAA :  40

 215 : leTyrGly : 216
       ||||||||
       leTyrGly
  39 : TTTATGGT :  32

-- completed exonerate analysis