Module Permissions

Modules (307):

• FAST
• FAST::Bio::Align::AlignI
• FAST::Bio::AlignIO
• FAST::Bio::AlignIO::Handler::GenericAlignHandler
• FAST::Bio::AlignIO::arp
• FAST::Bio::AlignIO::bl2seq
• FAST::Bio::AlignIO::clustalw
• FAST::Bio::AlignIO::emboss
• FAST::Bio::AlignIO::fasta
• FAST::Bio::AlignIO::largemultifasta
• FAST::Bio::AlignIO::maf
• FAST::Bio::AlignIO::mase
• FAST::Bio::AlignIO::mega
• FAST::Bio::AlignIO::meme
• FAST::Bio::AlignIO::metafasta
• FAST::Bio::AlignIO::msf
• FAST::Bio::AlignIO::nexml
• FAST::Bio::AlignIO::nexus
• FAST::Bio::AlignIO::pfam
• FAST::Bio::AlignIO::phylip
• FAST::Bio::AlignIO::po
• FAST::Bio::AlignIO::proda
• FAST::Bio::AlignIO::prodom
• FAST::Bio::AlignIO::psi
• FAST::Bio::AlignIO::selex
• FAST::Bio::AlignIO::stockholm
• FAST::Bio::AlignIO::xmfa
• FAST::Bio::AnalysisParserI
• FAST::Bio::AnalysisResultI
• FAST::Bio::AnnotatableI
• FAST::Bio::Annotation::AnnotationFactory
• FAST::Bio::Annotation::Collection
• FAST::Bio::Annotation::Comment
• FAST::Bio::Annotation::DBLink
• FAST::Bio::Annotation::OntologyTerm
• FAST::Bio::Annotation::Reference
• FAST::Bio::Annotation::SimpleValue
• FAST::Bio::Annotation::TagTree
• FAST::Bio::Annotation::Target
• FAST::Bio::Annotation::TypeManager
• FAST::Bio::AnnotationCollectionI
• FAST::Bio::AnnotationI
• FAST::Bio::Cluster::FamilyI
• FAST::Bio::Cluster::SequenceFamily
• FAST::Bio::ClusterI
• FAST::Bio::DB::InMemoryCache
• FAST::Bio::DB::RandomAccessI
• FAST::Bio::DB::SeqI
• FAST::Bio::DB::Taxonomy
• FAST::Bio::DB::Taxonomy::entrez
• FAST::Bio::DB::Taxonomy::flatfile
• FAST::Bio::DB::Taxonomy::list
• FAST::Bio::DescribableI
• FAST::Bio::Event::EventGeneratorI
• FAST::Bio::Event::EventHandlerI
• FAST::Bio::Factory::FTLocationFactory
• FAST::Bio::Factory::LocationFactoryI
• FAST::Bio::Factory::ObjectBuilderI
• FAST::Bio::Factory::ObjectFactory
• FAST::Bio::Factory::ObjectFactoryI
• FAST::Bio::Factory::SequenceFactoryI
• FAST::Bio::Factory::SequenceStreamI
• FAST::Bio::FeatureHolderI
• FAST::Bio::GapSeq
• FAST::Bio::GapSeqI
• FAST::Bio::HandlerBaseI
• FAST::Bio::IdentifiableI
• FAST::Bio::LocatableSeq
• FAST::Bio::Location::Atomic
• FAST::Bio::Location::CoordinatePolicyI
• FAST::Bio::Location::Fuzzy
• FAST::Bio::Location::FuzzyLocationI
• FAST::Bio::Location::NarrowestCoordPolicy
• FAST::Bio::Location::Simple
• FAST::Bio::Location::Split
• FAST::Bio::Location::SplitLocationI
• FAST::Bio::Location::WidestCoordPolicy
• FAST::Bio::LocationI
• FAST::Bio::MyPrimarySeqI
• FAST::Bio::MySeqI
• FAST::Bio::Ontology::DocumentRegistry
• FAST::Bio::Ontology::OBOEngine
• FAST::Bio::Ontology::Ontology
• FAST::Bio::Ontology::OntologyEngineI
• FAST::Bio::Ontology::OntologyI
• FAST::Bio::Ontology::OntologyStore
• FAST::Bio::Ontology::Relationship
• FAST::Bio::Ontology::RelationshipFactory
• FAST::Bio::Ontology::RelationshipI
• FAST::Bio::Ontology::RelationshipType
• FAST::Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor
• FAST::Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor02
• FAST::Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine
• FAST::Bio::Ontology::Term
• FAST::Bio::Ontology::TermFactory
• FAST::Bio::Ontology::TermI
• FAST::Bio::OntologyIO
• FAST::Bio::OntologyIO::Handlers::BaseSAXHandler
• FAST::Bio::OntologyIO::Handlers::InterProHandler
• FAST::Bio::OntologyIO::Handlers::InterPro_BioSQL_Handler
• FAST::Bio::OntologyIO::InterProParser
• FAST::Bio::OntologyIO::dagflat
• FAST::Bio::OntologyIO::goflat
• FAST::Bio::OntologyIO::obo
• FAST::Bio::OntologyIO::simplehierarchy
• FAST::Bio::OntologyIO::soflat
• FAST::Bio::PrimarySeq
• FAST::Bio::PrimarySeqI
• FAST::Bio::PullParserI
• FAST::Bio::Range
• FAST::Bio::RangeI
• FAST::Bio::Root::Exception
• FAST::Bio::Root::IO
• FAST::Bio::Root::Root
• FAST::Bio::Root::RootI
• FAST::Bio::Root::Version
• FAST::Bio::Search::BlastUtils
• FAST::Bio::Search::GenericStatistics
• FAST::Bio::Search::HSP::BlastPullHSP
• FAST::Bio::Search::HSP::GenericHSP
• FAST::Bio::Search::HSP::HSPFactory
• FAST::Bio::Search::HSP::HSPI
• FAST::Bio::Search::HSP::HmmpfamHSP
• FAST::Bio::Search::HSP::PullHSPI
• FAST::Bio::Search::Hit::BlastPullHit
• FAST::Bio::Search::Hit::GenericHit
• FAST::Bio::Search::Hit::HitFactory
• FAST::Bio::Search::Hit::HitI
• FAST::Bio::Search::Hit::HmmpfamHit
• FAST::Bio::Search::Hit::PullHitI
• FAST::Bio::Search::Result::BlastPullResult
• FAST::Bio::Search::Result::CrossMatchResult
• FAST::Bio::Search::Result::GenericResult
• FAST::Bio::Search::Result::HmmpfamResult
• FAST::Bio::Search::Result::PullResultI
• FAST::Bio::Search::Result::ResultFactory
• FAST::Bio::Search::Result::ResultI
• FAST::Bio::Search::SearchUtils
• FAST::Bio::Search::StatisticsI
• FAST::Bio::SearchIO
• FAST::Bio::SearchIO::EventHandlerI
• FAST::Bio::SearchIO::FastHitEventBuilder
• FAST::Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder
• FAST::Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder
• FAST::Bio::SearchIO::SearchWriterI
• FAST::Bio::SearchIO::Writer::BSMLResultWriter
• FAST::Bio::SearchIO::Writer::GbrowseGFF
• FAST::Bio::SearchIO::Writer::HSPTableWriter
• FAST::Bio::SearchIO::Writer::HTMLResultWriter
• FAST::Bio::SearchIO::Writer::HitTableWriter
• FAST::Bio::SearchIO::Writer::ResultTableWriter
• FAST::Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter
• FAST::Bio::SearchIO::XML::BlastHandler
• FAST::Bio::SearchIO::XML::PsiBlastHandler
• FAST::Bio::SearchIO::axt
• FAST::Bio::SearchIO::blast
• FAST::Bio::SearchIO::blast_pull
• FAST::Bio::SearchIO::blasttable
• FAST::Bio::SearchIO::blastxml
• FAST::Bio::SearchIO::cross_match
• FAST::Bio::SearchIO::erpin
• FAST::Bio::SearchIO::exonerate
• FAST::Bio::SearchIO::fasta
• FAST::Bio::SearchIO::gmap_f9
• FAST::Bio::SearchIO::hmmer
• FAST::Bio::SearchIO::hmmer2
• FAST::Bio::SearchIO::hmmer3
• FAST::Bio::SearchIO::hmmer_pull
• FAST::Bio::SearchIO::infernal
• FAST::Bio::SearchIO::megablast
• FAST::Bio::SearchIO::psl
• FAST::Bio::SearchIO::rnamotif
• FAST::Bio::SearchIO::sim4
• FAST::Bio::SearchIO::waba
• FAST::Bio::SearchIO::wise
• FAST::Bio::Seq
• FAST::Bio::Seq::LargeLocatableSeq
• FAST::Bio::Seq::LargePrimarySeq
• FAST::Bio::Seq::LargeSeqI
• FAST::Bio::Seq::Meta
• FAST::Bio::Seq::Meta::Array
• FAST::Bio::Seq::MetaI
• FAST::Bio::Seq::PrimaryQual
• FAST::Bio::Seq::QualI
• FAST::Bio::Seq::Quality
• FAST::Bio::Seq::RichSeq
• FAST::Bio::Seq::RichSeqI
• FAST::Bio::Seq::SeqBuilder
• FAST::Bio::Seq::SeqFactory
• FAST::Bio::Seq::SeqFastaSpeedFactory
• FAST::Bio::Seq::SequenceTrace
• FAST::Bio::Seq::TraceI
• FAST::Bio::SeqAnalysisParserI
• FAST::Bio::SeqFeature::FeaturePair
• FAST::Bio::SeqFeature::Gene::Exon
• FAST::Bio::SeqFeature::Gene::ExonI
• FAST::Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure
• FAST::Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructureI
• FAST::Bio::SeqFeature::Gene::Intron
• FAST::Bio::SeqFeature::Gene::NC_Feature
• FAST::Bio::SeqFeature::Gene::Poly_A_site
• FAST::Bio::SeqFeature::Gene::Promoter
• FAST::Bio::SeqFeature::Gene::Transcript
• FAST::Bio::SeqFeature::Gene::TranscriptI
• FAST::Bio::SeqFeature::Gene::UTR
• FAST::Bio::SeqFeature::Generic
• FAST::Bio::SeqFeature::Similarity
• FAST::Bio::SeqFeature::SimilarityPair
• FAST::Bio::SeqFeature::Tools::FeatureNamer
• FAST::Bio::SeqFeature::Tools::IDHandler
• FAST::Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
• FAST::Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener
• FAST::Bio::SeqFeatureI
• FAST::Bio::SeqI
• FAST::Bio::SeqIO
• FAST::Bio::SeqIO::FTHelper
• FAST::Bio::SeqIO::Handler::GenericRichSeqHandler
• FAST::Bio::SeqIO::MultiFile
• FAST::Bio::SeqIO::abi
• FAST::Bio::SeqIO::ace
• FAST::Bio::SeqIO::agave
• FAST::Bio::SeqIO::alf
• FAST::Bio::SeqIO::asciitree
• FAST::Bio::SeqIO::bsml
• FAST::Bio::SeqIO::bsml_sax
• FAST::Bio::SeqIO::chadoxml
• FAST::Bio::SeqIO::chaos
• FAST::Bio::SeqIO::chaosxml
• FAST::Bio::SeqIO::ctf
• FAST::Bio::SeqIO::embl
• FAST::Bio::SeqIO::embldriver
• FAST::Bio::SeqIO::entrezgene
• FAST::Bio::SeqIO::excel
• FAST::Bio::SeqIO::exp
• FAST::Bio::SeqIO::fasta
• FAST::Bio::SeqIO::fastq
• FAST::Bio::SeqIO::flybase_chadoxml
• FAST::Bio::SeqIO::game
• FAST::Bio::SeqIO::game::featHandler
• FAST::Bio::SeqIO::game::gameHandler
• FAST::Bio::SeqIO::game::gameSubs
• FAST::Bio::SeqIO::game::gameWriter
• FAST::Bio::SeqIO::game::seqHandler
• FAST::Bio::SeqIO::gbdriver
• FAST::Bio::SeqIO::gbxml
• FAST::Bio::SeqIO::gcg
• FAST::Bio::SeqIO::genbank
• FAST::Bio::SeqIO::interpro
• FAST::Bio::SeqIO::kegg
• FAST::Bio::SeqIO::largefasta
• FAST::Bio::SeqIO::lasergene
• FAST::Bio::SeqIO::locuslink
• FAST::Bio::SeqIO::mbsout
• FAST::Bio::SeqIO::metafasta
• FAST::Bio::SeqIO::msout
• FAST::Bio::SeqIO::nexml
• FAST::Bio::SeqIO::phd
• FAST::Bio::SeqIO::pir
• FAST::Bio::SeqIO::pln
• FAST::Bio::SeqIO::qual
• FAST::Bio::SeqIO::raw
• FAST::Bio::SeqIO::scf
• FAST::Bio::SeqIO::seqxml
• FAST::Bio::SeqIO::strider
• FAST::Bio::SeqIO::swiss
• FAST::Bio::SeqIO::swissdriver
• FAST::Bio::SeqIO::tab
• FAST::Bio::SeqIO::table
• FAST::Bio::SeqIO::tigr
• FAST::Bio::SeqIO::tigrxml
• FAST::Bio::SeqIO::tinyseq
• FAST::Bio::SeqIO::tinyseq::tinyseqHandler
• FAST::Bio::SeqIO::ztr
• FAST::Bio::SeqUtils
• FAST::Bio::SimpleAlign
• FAST::Bio::Species
• FAST::Bio::Taxon
• FAST::Bio::Tools::AnalysisResult
• FAST::Bio::Tools::CodonTable
• FAST::Bio::Tools::GFF
• FAST::Bio::Tools::Genewise
• FAST::Bio::Tools::Genomewise
• FAST::Bio::Tools::GuessSeqFormat
• FAST::Bio::Tools::IUPAC
• FAST::Bio::Tools::MySeqStats
• FAST::Bio::Tools::Run::GenericParameters
• FAST::Bio::Tools::Run::ParametersI
• FAST::Bio::Tools::SeqPattern
• FAST::Bio::Tools::SeqPattern::Backtranslate
• FAST::Bio::Tools::SeqStats
• FAST::Bio::Tree::Node
• FAST::Bio::Tree::NodeI
• FAST::Bio::Tree::Tree
• FAST::Bio::Tree::TreeFunctionsI
• FAST::Bio::Tree::TreeI
• FAST::Bio::UnivAln
• FAST::Bio::WebAgent
• FAST::FAST::Bio::Root::HTTPget
• FAST::List::Gen
• FAST::List::Gen::Benchmark
• FAST::List::Gen::Cookbook
• FAST::List::Gen::Haskell
• FAST::List::Gen::Lazy
• FAST::List::Gen::Lazy::Builtins
• FAST::List::Gen::Lazy::Ops
• FAST::List::Gen::Perl6
• FAST::List::Generator