Bio-Chado-Schema-0.04100

Documentation

update_dbic_dump.pl

script to sync the DBIx::Class object layer with the current set of chado tables

Modules

Bio::Chado::Schema

standard DBIx::Class layer for the Chado database schema

Bio::Chado::Schema::Util

utility functions shared by Bio::Chado::Schema objects

Provides

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLine

in lib/Bio/Chado/Schema/CellLine/CellLine.pm

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineCvterm

in lib/Bio/Chado/Schema/CellLine/CellLineCvterm.pm

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineCvtermprop

in lib/Bio/Chado/Schema/CellLine/CellLineCvtermprop.pm

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineDbxref

in lib/Bio/Chado/Schema/CellLine/CellLineDbxref.pm

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineFeature

in lib/Bio/Chado/Schema/CellLine/CellLineFeature.pm

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineLibrary

in lib/Bio/Chado/Schema/CellLine/CellLineLibrary.pm

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLinePub

in lib/Bio/Chado/Schema/CellLine/CellLinePub.pm

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineRelationship

in lib/Bio/Chado/Schema/CellLine/CellLineRelationship.pm

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineSynonym

in lib/Bio/Chado/Schema/CellLine/CellLineSynonym.pm

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineprop

in lib/Bio/Chado/Schema/CellLine/CellLineprop.pm

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLinepropPub

in lib/Bio/Chado/Schema/CellLine/CellLinepropPub.pm

Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysis

in lib/Bio/Chado/Schema/Companalysis/Analysis.pm

Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisfeature

in lib/Bio/Chado/Schema/Companalysis/Analysisfeature.pm

Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Companalysis/Analysisprop.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::AllFeatureNames

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/AllFeatureNames.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::Dfeatureloc

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/Dfeatureloc.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FLoc

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FLoc.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FType

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FType.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureContains

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FeatureContains.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDifference

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FeatureDifference.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDisjoint

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FeatureDisjoint.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDistance

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FeatureDistance.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureIntersection

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FeatureIntersection.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureMeets

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FeatureMeets.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureMeetsOnSameStrand

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FeatureMeetsOnSameStrand.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureUnion

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FeatureUnion.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FeaturesetMeets

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FeaturesetMeets.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FnrType

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FnrType.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::FpKey

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/FpKey.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::Gff3atts

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/Gff3atts.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::Gff3view

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/Gff3view.pm

Bio::Chado::Schema::Composite::Gffatts

in lib/Bio/Chado/Schema/Composite/Gffatts.pm

Bio::Chado::Schema::Contact::Contact

in lib/Bio/Chado/Schema/Contact/Contact.pm

Bio::Chado::Schema::Contact::ContactRelationship

in lib/Bio/Chado/Schema/Contact/ContactRelationship.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::CommonAncestorCvterm

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/CommonAncestorCvterm.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::CommonDescendantCvterm

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/CommonDescendantCvterm.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::Cv

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/Cv.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::CvCvtermCount

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/CvCvtermCount.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::CvCvtermCountWithObs

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/CvCvtermCountWithObs.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::CvLeaf

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/CvLeaf.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::CvLinkCount

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/CvLinkCount.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::CvPathCount

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/CvPathCount.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::CvRoot

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/CvRoot.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::Cvterm

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/Cvterm.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::CvtermDbxref

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/CvtermDbxref.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::CvtermRelationship

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/CvtermRelationship.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermpath

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/Cvtermpath.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/Cvtermprop.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermsynonym

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/Cvtermsynonym.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::Dbxrefprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/Dbxrefprop.pm

Bio::Chado::Schema::Cv::StatsPathsToRoot

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/StatsPathsToRoot.pm

Bio::Chado::Schema::Expression::Eimage

in lib/Bio/Chado/Schema/Expression/Eimage.pm

Bio::Chado::Schema::Expression::Expression

in lib/Bio/Chado/Schema/Expression/Expression.pm

Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionCvterm

in lib/Bio/Chado/Schema/Expression/ExpressionCvterm.pm

Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionCvtermprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Expression/ExpressionCvtermprop.pm

Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionImage

in lib/Bio/Chado/Schema/Expression/ExpressionImage.pm

Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionPub

in lib/Bio/Chado/Schema/Expression/ExpressionPub.pm

Bio::Chado::Schema::Expression::Expressionprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Expression/Expressionprop.pm

Bio::Chado::Schema::Expression::FeatureExpression

in lib/Bio/Chado/Schema/Expression/FeatureExpression.pm

Bio::Chado::Schema::Expression::FeatureExpressionprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Expression/FeatureExpressionprop.pm

Bio::Chado::Schema::General::Db

in lib/Bio/Chado/Schema/General/Db.pm

Bio::Chado::Schema::General::DbDbxrefCount

in lib/Bio/Chado/Schema/General/DbDbxrefCount.pm

Bio::Chado::Schema::General::Dbxref

in lib/Bio/Chado/Schema/General/Dbxref.pm

Bio::Chado::Schema::General::Project

in lib/Bio/Chado/Schema/General/Project.pm

Bio::Chado::Schema::General::Tableinfo

in lib/Bio/Chado/Schema/General/Tableinfo.pm

Bio::Chado::Schema::Genetic::Environment

in lib/Bio/Chado/Schema/Genetic/Environment.pm

Bio::Chado::Schema::Genetic::EnvironmentCvterm

in lib/Bio/Chado/Schema/Genetic/EnvironmentCvterm.pm

Bio::Chado::Schema::Genetic::FeatureGenotype

in lib/Bio/Chado/Schema/Genetic/FeatureGenotype.pm

Bio::Chado::Schema::Genetic::Genotype

in lib/Bio/Chado/Schema/Genetic/Genotype.pm

Bio::Chado::Schema::Genetic::Phendesc

in lib/Bio/Chado/Schema/Genetic/Phendesc.pm

Bio::Chado::Schema::Genetic::PhenotypeComparison

in lib/Bio/Chado/Schema/Genetic/PhenotypeComparison.pm

Bio::Chado::Schema::Genetic::PhenotypeComparisonCvterm

in lib/Bio/Chado/Schema/Genetic/PhenotypeComparisonCvterm.pm

Bio::Chado::Schema::Genetic::Phenstatement

in lib/Bio/Chado/Schema/Genetic/Phenstatement.pm

Bio::Chado::Schema::Library::Library

in lib/Bio/Chado/Schema/Library/Library.pm

Bio::Chado::Schema::Library::LibraryCvterm

in lib/Bio/Chado/Schema/Library/LibraryCvterm.pm

Bio::Chado::Schema::Library::LibraryDbxref

in lib/Bio/Chado/Schema/Library/LibraryDbxref.pm

Bio::Chado::Schema::Library::LibraryFeature

in lib/Bio/Chado/Schema/Library/LibraryFeature.pm

Bio::Chado::Schema::Library::LibraryPub

in lib/Bio/Chado/Schema/Library/LibraryPub.pm

Bio::Chado::Schema::Library::LibrarySynonym

in lib/Bio/Chado/Schema/Library/LibrarySynonym.pm

Bio::Chado::Schema::Library::Libraryprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Library/Libraryprop.pm

Bio::Chado::Schema::Library::LibrarypropPub

in lib/Bio/Chado/Schema/Library/LibrarypropPub.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Acquisition

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Acquisition.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::AcquisitionRelationship

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/AcquisitionRelationship.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Acquisitionprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Acquisitionprop.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Arraydesign

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Arraydesign.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Arraydesignprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Arraydesignprop.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Assay

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Assay.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::AssayBiomaterial

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/AssayBiomaterial.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::AssayProject

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/AssayProject.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Assayprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Assayprop.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Biomaterial

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Biomaterial.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialDbxref

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/BiomaterialDbxref.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialRelationship

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/BiomaterialRelationship.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialTreatment

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/BiomaterialTreatment.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Biomaterialprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Biomaterialprop.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Channel

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Channel.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Control

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Control.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Element

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Element.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::ElementRelationship

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/ElementRelationship.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Elementresult

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Elementresult.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::ElementresultRelationship

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/ElementresultRelationship.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Magedocumentation

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Magedocumentation.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Mageml

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Mageml.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Protocol

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Protocol.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Protocolparam

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Protocolparam.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Quantification

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Quantification.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::QuantificationRelationship

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/QuantificationRelationship.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Quantificationprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Quantificationprop.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Study

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Study.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::StudyAssay

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/StudyAssay.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Studydesign

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Studydesign.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Studydesignprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Studydesignprop.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Studyfactor

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Studyfactor.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Studyfactorvalue

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Studyfactorvalue.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Studyprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Studyprop.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::StudypropFeature

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/StudypropFeature.pm

Bio::Chado::Schema::Mage::Treatment

in lib/Bio/Chado/Schema/Mage/Treatment.pm

Bio::Chado::Schema::Map::Featuremap

in lib/Bio/Chado/Schema/Map/Featuremap.pm

Bio::Chado::Schema::Map::FeaturemapPub

in lib/Bio/Chado/Schema/Map/FeaturemapPub.pm

Bio::Chado::Schema::Map::Featurepos

in lib/Bio/Chado/Schema/Map/Featurepos.pm

Bio::Chado::Schema::Map::Featurerange

in lib/Bio/Chado/Schema/Map/Featurerange.pm

Bio::Chado::Schema::Organism::Organism

in lib/Bio/Chado/Schema/Organism/Organism.pm

Bio::Chado::Schema::Organism::OrganismDbxref

in lib/Bio/Chado/Schema/Organism/OrganismDbxref.pm

Bio::Chado::Schema::Organism::Organismprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Organism/Organismprop.pm

Bio::Chado::Schema::Phenotype::FeaturePhenotype

in lib/Bio/Chado/Schema/Phenotype/FeaturePhenotype.pm

Bio::Chado::Schema::Phenotype::Phenotype

in lib/Bio/Chado/Schema/Phenotype/Phenotype.pm

Bio::Chado::Schema::Phenotype::PhenotypeCvterm

in lib/Bio/Chado/Schema/Phenotype/PhenotypeCvterm.pm

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylonode

in lib/Bio/Chado/Schema/Phylogeny/Phylonode.pm

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeDbxref

in lib/Bio/Chado/Schema/Phylogeny/PhylonodeDbxref.pm

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeOrganism

in lib/Bio/Chado/Schema/Phylogeny/PhylonodeOrganism.pm

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodePub

in lib/Bio/Chado/Schema/Phylogeny/PhylonodePub.pm

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeRelationship

in lib/Bio/Chado/Schema/Phylogeny/PhylonodeRelationship.pm

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylonodeprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Phylogeny/Phylonodeprop.pm

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylotree

in lib/Bio/Chado/Schema/Phylogeny/Phylotree.pm

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylotreePub

in lib/Bio/Chado/Schema/Phylogeny/PhylotreePub.pm

Bio::Chado::Schema::Pub::Pub

in lib/Bio/Chado/Schema/Pub/Pub.pm

Bio::Chado::Schema::Pub::PubDbxref

in lib/Bio/Chado/Schema/Pub/PubDbxref.pm

Bio::Chado::Schema::Pub::PubRelationship

in lib/Bio/Chado/Schema/Pub/PubRelationship.pm

Bio::Chado::Schema::Pub::Pubauthor

in lib/Bio/Chado/Schema/Pub/Pubauthor.pm

Bio::Chado::Schema::Pub::Pubprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Pub/Pubprop.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::Cvtermsynonym

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/Cvtermsynonym.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::Feature

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/Feature.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvterm

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeatureCvterm.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermDbxref

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeatureCvtermDbxref.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermPub

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeatureCvtermPub.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeatureCvtermprop.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureDbxref

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeatureDbxref.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturePub

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeaturePub.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturePubprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeaturePubprop.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationship

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeatureRelationship.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshipPub

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeatureRelationshipPub.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshipprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeatureRelationshipprop.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshippropPub

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeatureRelationshippropPub.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureSynonym

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeatureSynonym.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::Featureloc

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/Featureloc.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturelocPub

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeaturelocPub.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::Featureprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/Featureprop.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturepropPub

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/FeaturepropPub.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::Synonym

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/Synonym.pm

Bio::Chado::Schema::Sequence::TypeFeatureCount

in lib/Bio/Chado/Schema/Sequence/TypeFeatureCount.pm

Bio::Chado::Schema::Stock::Stock

in lib/Bio/Chado/Schema/Stock/Stock.pm

Bio::Chado::Schema::Stock::StockCvterm

in lib/Bio/Chado/Schema/Stock/StockCvterm.pm

Bio::Chado::Schema::Stock::StockDbxref

in lib/Bio/Chado/Schema/Stock/StockDbxref.pm

Bio::Chado::Schema::Stock::StockGenotype

in lib/Bio/Chado/Schema/Stock/StockGenotype.pm

Bio::Chado::Schema::Stock::StockPub

in lib/Bio/Chado/Schema/Stock/StockPub.pm

Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationship

in lib/Bio/Chado/Schema/Stock/StockRelationship.pm

Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationshipPub

in lib/Bio/Chado/Schema/Stock/StockRelationshipPub.pm

Bio::Chado::Schema::Stock::Stockcollection

in lib/Bio/Chado/Schema/Stock/Stockcollection.pm

Bio::Chado::Schema::Stock::StockcollectionStock

in lib/Bio/Chado/Schema/Stock/StockcollectionStock.pm

Bio::Chado::Schema::Stock::Stockcollectionprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Stock/Stockcollectionprop.pm

Bio::Chado::Schema::Stock::Stockprop

in lib/Bio/Chado/Schema/Stock/Stockprop.pm

Bio::Chado::Schema::Stock::StockpropPub

in lib/Bio/Chado/Schema/Stock/StockpropPub.pm

Other files

To install Bio::Chado::Schema, copy and paste the appropriate command in to your terminal.

cpanm

cpanm Bio::Chado::Schema

CPAN shell

perl -MCPAN -e shell
install Bio::Chado::Schema

For more information on module installation, please visit the detailed CPAN module installation guide.

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module: (e.g. module:Plugin)
distribution: (e.g. distribution:Dancer auth)
author: (e.g. author:SONGMU Redis)
version: (e.g. version:1.00)

Documentation

Modules

Provides

Other files

Module Install Instructions